Coronavirus : aux origines du mal

  • Par Julie Renson Miquel
  • 31 mars 2020
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Illustration réalisée par © Joseph Baert – @joseph_baert

Alors que la pandémie de Covid-19 continue de progresser*, les scientifiques du monde entier se livrent à une course effrénée pour trouver un traitement. Les chercheurs tentent également de venir à bout d’un autre mystère, l’origine de l’agent pathogène qui provoque la maladie : le SARS-CoV-2. Que sait-on vraiment du virus à l’origine du Covid-19 ? Décryptage avec Jean-François Julien, spécialiste des chauves-souris au Muséum d’histoire naturelle.

(*D’après le décompte de l’AFP, le bilan du 31 mars 2020 fait état de plus de 791 000 cas recensés dans le monde, dont 38 466 morts)

Son nom est complexe et sa provenance mystérieuse. Le SARS-Cov-2, à l’origine du Covid-19, est un agent pathogène qui s’est tout d’abord développé en Chine et plus particulièrement dans la province de Hubei. D’après un bulletin publié le 12 janvier dernier par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), les premiers cas de Covid-19 ont été signalés le 31 décembre 2019 par la Chine. Sur les 41 personnes alors officiellement infectées, toutes ont été diagnostiquées dans la ville de Wuhan. « Selon l’enquête épidémiologique préliminaire, la plupart étaient commerçants ou manutentionnaires ou se rendaient fréquemment sur le marché de gros aux poissons de Huanan », explique le bulletin de l’OMS. Ce marché a été fermé par les autorités chinoises le 1er janvier 2020.

Les scientifiques privilégient aujourd’hui la piste d’un virus à l’origine animale. La chauve-souris a rapidement été pointée du doigt en raison de son rôle lors de l’émergence en 2002 d’un autre coronavirus, le SARS-CoV, explique Jean-François Julien. Le SARS-CoV, responsable du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), avait été transmis par la chauve-souris à l’homme via la civette des palmiers, petit mammifère sauvage et carnivore. L’épidémie, moins importante que celle à laquelle nous faisons face aujourd’hui, partait déjà, à l’époque, de la Chine. La civette des palmiers était en effet vendue vivante sur des marchés de la province de Guangdong dans le sud du pays.

Mais si la chauve-souris semble être le parfait suspect dans l’émergence du Covid-19, il ne faut pas tirer de conclusions hâtives selon Jean-François Julien. Les études réalisées depuis trois mois ont permis d’être « quasiment certain » que le virus n’a pas été transmis directement par le chiroptère : « Nous avons trouvé un virus très proche mais pas le SARS-CoV-2. On pense que le virus de la chauve-souris ne serait pas capable d’infecter des cellules humaines et qu’il serait très peu virulent si on l’inoculait à l’homme. Il n’a pas l’air bien adapté pour des raisons moléculaires : il ne va pas bien reconnaître la protéine sur laquelle se fixe le SARS-CoV-2 », explique-t-il.

L’hypothèse d’un hôte intermédiaire privilégiée

Comme pour l’épidémie de SRAS en 2002-2003 transmise par la civette des palmiers, l’hypothèse d’un hôte intermédiaire est aujourd’hui privilégiée. Et c’est la piste du pangolin qui semble la plus prometteuse. Mais comment ce mammifère nocturne vivant dans les forêts tropicales africaines et asiatiques s’est-il retrouvé sur des marchés en Chine ? Car sa chair, son sang ou encore ses écailles sont particulièrement prisés par la population pour la médecine traditionnelle. Le pangolin est l’un des animaux les plus braconnés au monde et fait partie de la liste internationale des espèces en danger. Selon l’ONG Traffic, près de 20 tonnes de pangolins par an sont vendues illégalement sur les marchés principalement asiatiques. 

C’est en arrêtant les trafiquants et en confisquant les pangolins, que les chercheurs chinois ont été mis par hasard sur cette piste. « Les animaux capturés avaient les poumons très abîmés », explique Jean-François Julien. Le 7 février dernier, la revue scientifique Nature révèle que des scientifiques chinois ont réussi à isoler un virus provenant du pangolin dont la séquence génétique serait extrêmement proche du SRAS-COV-2. Une autre étude  fut publiée le 26 mars dernier : sur les six coronavirus identifiés sur les pangolins, la similarité des séquences génétiques avec le coronavirus humain est de 85,5 % à 92,4 %.

Si la communauté scientifique reste prudente, la « recombinaison » de virus entre la chauve-souris et un deuxième animal (le pangolin ou un autre) est envisagée.  « Quand deux virus différents infectent la même cellule, il peut en ressortir des sortes de virus mosaïques, chimériques*.

C’est souvent comme cela qu’apparaissent les virus vraiment dangereux, explique le spécialiste. On imagine qu’à l’origine du SRAS-COV-2, il s’est produit une histoire de ce genre : une recombinaison entre virus. Cela arrive tout le temps avec la grippe, c’est pour cela que l’on est obligé de refaire des vaccins tous les ans. C’est moins fréquent avec des betacoronavirus*, pour des raisons très moléculaires, mais ça arrive. »

Les zoonoses, c’est-à-dire les maladies qui se transmettent naturellement de l’animal à l’homme, sont plus présentes sur les continents asiatique et africain car il y a une proximité physique plus importante entre les animaux et l’homme ainsi qu’un nombre accru d’espèces animales grégaires* susceptibles de transporter des virus. En Europe, les populations de chauves-souris sont beaucoup moins nombreuses en raison du climat tempéré et leur hibernation prolongée, par rapport à d’autres endroits du globe, casse la dynamique des betacoronavirus.

*chimère (biologie) : « Organisme constitué de deux ou, plus rarement, de plusieurs variétés de cellules ayant des origines génétiques différentes. »
*Betacoronavirus: (ou β-coronavirus) est l’un des quatre genres connus de coronavirus. Ils infectent principalement les chauves-souris, mais également les humains ou d’autres espèces de mammifères.
*Espèces animales grégaires : « Se dit d’une espèce animale qui vit en groupe ou en communauté, mais sans structure sociale. »

L’activité humaine en cause

On pourrait penser que l’origine de la propagation d’un tel virus est naturelle. Il est vrai que le coronavirus provient d’animaux sauvages. Mais, l’homme n’est pas tout à fait innocent dans cette histoire. Nos modes de production et de consommation pourraient avoir accentué le problème selon Jean-François Julien : « Si l’on fait attention, il n’y a pas de raison que ce genre de virus passe comme ça à l’homme. C’est indirectement lié au fait qu’il y ait du trafic d’animaux. Les équilibres écologiques ont dû être très perturbés en Chine, car il y a eu énormément de déforestation et cela s’est accéléré ces dernières années. La province de Hubei est une région qui se déboise rapidement. Le fait de déforester et de perturber les écosystèmes pourrait avoir généré des rencontres, plus fréquentes qu’auparavant, entre les pangolins et les chauves-souris. Cela a également pu provoquer des déplacements de populations qui ont peut-être mélangé des virus qui ne se seraient pas mélangés autrement. Les facteurs décisifs ont l’air d’être du côté humain. »

La déforestation, l’urbanisation ou encore le braconnage, ne semblent pas être les seuls critères humains ayant provoqué cette pandémie. Certaines habitudes alimentaires jouent aussi sur la propagation du virus. « Il ne faut pas oublier les aspects anthropologiques, confie le chercheur. En Europe, nous n’avons pas l’habitude de consommer énormément d’animaux sauvages et quand nous le faisons, nous laissons le gibier faisander. On ne va pas le manger le jour où on l’a tué. En Chine, il y a une sorte de croyance comme quoi il est meilleur pour la santé de manger un animal frais. Le fait de se rendre au marché, de voir la bête vivante se faire tuer et découper par le marchand devant vous, facilite énormément les contaminations. »

Le transport, ou comment l’homme propage le virus à son insu

Pourtant, le Covid-19 s’est répandu dans le monde entier, frappant l’Europe de plein fouet. En cause : la massification du transport mondial. « Beaucoup pensent que si les pandémies flambent maintenant c’est à cause de facteurs purement humains, comme l’accroissement de la densité des populations qui augmente les chances de contagion entre hommes. Sans oublier les transports. » confie Jean-François Julien.  Selon le scientifique, les épidémies d’Ebola illustrent bien ce phénomène : « Dans des villages complètement perdus en République démocratique du Congo, accessibles seulement à pied, de petites épidémies d’Ebola ont fait des ravages. Comme personne ne bougeait, qu’ils n’ont pas eu beaucoup d’assistance sanitaire, donc de soignants susceptibles de s’infecter et d’emmener le virus ailleurs, les épidémies s’éteignaient au bout d’un moment, au prix du décès de 60-70%* de la population. Les deux dernières épidémies en République démocratique du Congo ont eu lieu dans des villages plus peuplés et nettement plus développés. Des soignants sont venus, des gens ont été transportés à l’hôpital, ce qui a essaimé la maladie et le bilan a été beaucoup plus lourd que pour les toutes premières épidémies ».

En conclusion : « Quand on regarde les cinq ou six épidémies d’Ebola sur les  20-30 dernières années, on a vraiment l’impression que plus l’endroit où elles démarrent est développé, plus il y a de moyens de transport, et plus l’épidémie est grave ».  

Une observation confirmée par les chercheurs américains Roger Keil, Creighton Connolly et S. Harris Ali, dans The Conversation : « Le coronavirus qui nous touche aujourd’hui est un exemple des relations étroites entre le développement urbain et l’émergence ou la réémergence de maladies infectieuses. […] Les infrastructures jouent un rôle central : les maladies peuvent rapidement se répandre entre les villes à travers les infrastructures de la mondialisation comme les réseaux de transport aérien. Les aéroports se situent souvent en bordure des villes, soulevant des enjeux complexes de gouvernance et de juridictions concernant la responsabilité de contrôler les épidémies dans les vastes régions urbaines. »

*Ebola est un virus extrêmement mortel. Son taux de létalité moyen est d’environ 50% et il peut monter jusqu’à 90% dans certains cas.

Comme un air de déjà vu…

Virus Ebola, Nipah, Zika, Marburg, coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (Mers-cov), syndrome respiratoire aigu sévère (Sras), fièvre de la vallée du Rift, fièvre hémorragique de Crimée-Congo… Autant de zoonoses* répertoriées depuis des décennies. Mais les animaux sauvages ne sont pas les seuls susceptibles de nous transmettre des maladies. Au cours de l’histoire, les animaux domestiques l’ont également fait. Nous devons par exemple la rougeole et la tuberculose aux vaches, la coqueluche aux cochons ou encore la grippe aux canards.

Le phénomène de mutation des microbes animaux en agents pathogènes humains n’a donc rien de nouveau. « Son apparition date de la révolution néolithique, quand l’être humain a commencé à détruire les habitats sauvages pour étendre les terres cultivées et à domestiquer les animaux pour en faire des bêtes de sommes » écrit la journaliste américaine Sonia Shah dans Le Monde Diplomatique. « Avec la déforestation, l’urbanisation et l’industrialisation effrénées, nous avons offert à ces microbes des moyens d’arriver jusqu’au corps humain et de s’adapter », ajoute l’auteure de Pandemics : Tracking Contagions, From Cholera to Ebola and Beyond (2016).

Si les populations humaines interagissent toujours autant avec les écosystèmes naturels, les épidémies comme celle que nous vivons en ce moment sont amenées à se répéter, selon les chercheurs. « C’est ce que tout le monde pense, comme les perturbations des milieux ne vont pas en s’arrangeant et que nous allons sans doute continuer à nous déplacer autant… » approuve Jean-François Julien.

D’autres, tentent de rester positifs. C’est le cas de Sonia Shah citant l’épidémiologiste américain Larry Brilliant : « Les émergences de virus sont inévitables, pas les pandémies ». « Toutefois, ajoute-t-elle. Nous ne serons épargnés par ces dernières, qu’à condition de mettre autant de détermination à changer de politique, que nous en avons mis à perturber la nature et la vie animale ».

*Zoonose : maladie infectieuse des animaux vertébrés transmissible à l’être humain (exemple: la rage).

Auteur.e.(s)

  • Amie des pangolins avec toujours un livre à portée de main. Mordue de sport au jeu de jambes (pas tout à fait) affûté 🎾🏃🏽‍♀️🤿